Ibu kota Malaysia ialah
Kuala Lumpur
. Kota ini menjadi pusat utama bagi kegiatan kebudayaan, bisnis serta keuangan di Malaysia. Parlemen Malaysia serta kediaman resmi Yang di-Pertuan Agong juga terletak di Kuala Lumpur. Pada tahun 2001, pusat pemerintahan persekutuan Malaysia dipindahkan dari Kuala Lumpur ke kota baru
Putrajaya
yang terkadang disebut sebagai ibu kota persekutuan. Kedua kota tersebut, bersama
Labuan
, mempunyai status
wilayah federal
di Malaysia.
Ibu kota negara bagian
Semua negara bagian di Malaysia kecuali
Melaka
,
Pulau Pinang
,
Sabah
, dan
Sarawak
, merupakan
kerajaan
. Empat negara bagian yang lain, tidak berupa memiliki raja, melainkan dipimpin oleh
Yang di-Pertua Negeri
(Gubernur). Dengan itu, negara-negara bagian yang berupa kerajaan mempunyai
atau kota tempat istana atau kediaman raja masing-masing. Kota raja ini sering kali berbeda dengan ibu kota negara bagian. Pemerintahan negara bagian dijalankan oleh kerajaan masing-masing yang dibentuk setelah memenangi pemilu.